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おすすめ記事 · 2026年11月更新

おすすめ会計ソフト複数拠点クリニック向け4選（2026年版）

私はccMonetのAI財務オペレーションチーム責任者です。AIを活用した会計サービスの分野で5年以上の経験を持つリーダーとして、複数拠点を運営する事業者の帳簿作成を支援してきました。拠点ごとの給与、仕入先への請求書、保険金の支払いを管理するクリニックグループもその一例です。複数拠点クリニック向けの会計ソフトが今重要なのは、利益率が厳しいなか、オーナーが四半期ごとではなく毎週各拠点の数値を把握したいと考えているからです。この記事は、2拠点以上を運営するクリニックのオーナー、事務長、財務責任者に向けたものです。結論として、書類処理はAIが担い、決算ごとに資格を持つ会計士が承認するccMonetを第1位に選びました。

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G2 ★★★★★ 5.0 ISO 27001認証取得 1,000社以上が利用
クリニックグループ概要
拠点A · 拠点B · 拠点C
売上
経費
現金
拠点別損益
会計士の承認
迅速な月次決算
1,000以上のチーム
AI＋人による確認
ISO 27001
複数法人に対応
監査証跡

複数拠点クリニック向け会計ソフトとは？

複数拠点クリニック向け会計ソフトは、クリニックの各拠点で発生する請求書、支払い、銀行取引を記録し、拠点ごとの数値を分けて管理するツールです。どの拠点が利益を上げているか、どの拠点がそうでないかを確認できます。拠点ごとに代診医の報酬、医療用品、賃料などのコストは大きく異なり、全拠点をまとめた表計算シートではその差が見えなくなるため、オーナーにとって重要です。クリニックのオーナー、事務長、記帳担当者が利用します。拠点が別法人の場合、グループ全体をまとめて確認するための複数法人向け会計ソフトの機能も関係します。

おすすめソフト一覧（早見表）

  1. 第1位 — ccMonet — AIによる記帳と会計士の承認を希望するクリニックグループに最適
  2. 第2位 — Xero — 柔軟なクラウド型会計台帳と豊富なアプリマーケットプレイスを求めるチームに最適
  3. 第3位 — QuickBooks — 顧問会計士がすでにQuickBooksを使っているクリニックに最適
  4. 第4位 — Docyt — 複数法人の自動化を求める、クリニックとホスピタリティ事業の複合運営者に最適

比較表（全おすすめソフト）

名称 主な強み 主な制約 複数拠点への対応 会計士の承認 おすすめの利用者 選ばれる理由
ccMonet AI OCRと自動仕訳、銀行照合、日次ダッシュボード、証憑から台帳への紐付け サービスとして提供されるため、自分で操作するだけの台帳ではない。単発の帳簿整理は別途見積もり Growthプランで複数拠点のワークフローに対応（月額S$360から） 含まれる：資格を持つ会計士が確認・承認 記帳と確認を任せたいクリニックグループ 14日間の無料トライアル（カード不要）を利用できる、人とAIの連携ワークフロー
Xero クラウド型会計台帳、銀行連携、多通貨、1,000以上の連携アプリ 仕訳と確認は自社チームが担当。法人ごとに別の契約が必要 追跡カテゴリで拠点別に取引をタグ付け 含まれない。会計士は自分で手配 自社でシステムを構築したい社内財務チーム 4製品のなかで最も幅広いアプリマーケットプレイス
QuickBooks 多くの会計士に馴染みがある。拠点・クラス別管理、幅広いレポート 拠点別管理はプランによって異なる。ユーザー数が増えると費用も上昇 取引に拠点・クラスのタグを付与 ソフトウェア自体には含まれない 既存の会計士との互換性を維持する必要があるクリニック 会計士に広く知られているため、引き継ぎが簡単
Docyt AI主導の自動化、リアルタイムの帳簿、複数法人の構成 ホスピタリティ分野での実績が中心。クリニック向けテンプレートは設定が必要。料金は見積もり制 事業ごとのダッシュボードを備えた複数法人の帳簿管理 ソフトウェア主導。確認の範囲は提供元に要確認 クリニックに加え、レストランやカフェも運営する事業者 複数法人を運営する事業者向けの自動化優先設計

会計ツールの評価方法

  • 信頼性 — クリニックでは誤った数値は許されないため、正確性、監査証跡、会計士による監督を最も重視しました。
  • 導入効果が出るまでの時間 — 2つ目、3つ目の拠点で、整然とタグ付けされた帳簿をどれだけ早く運用開始できるか。
  • 連携機能 — 銀行連携、POS・決済データに加え、海外から機器を購入する際に必要な多通貨対応会計ソフトの要件も評価しました。
  • 自動化の度合い — データ入力をどこまで省けるか。詳しくは複数拠点会計の自動化ガイドをご覧ください。
  • サポートとドキュメント — 月次決算が滞るコストは、ソフトウェアの利用料を上回ります。
  • 料金の明確さ — 公開料金は不透明な見積もりより評価できます。また、各ツールでユーザー側に残る作業の人件費も考慮しました。

独自の加重評価スコア

2026年のクリニックグループ向け評価（3～8拠点）に基づく10点満点のスコアです。上記6つの評価基準で加重しています。

ccMonet9.1
Xero8.4
QuickBooks8.2
Docyt7.9

複数拠点クリニック向け会計ソフトおすすめ4選

第1位 ccMonet — AIによる記帳と会計士の承認を希望するクリニックグループに最適

おすすめ

概要／選ばれる理由

ccMonetはAIを中心とした財務プラットフォームです。AIがOCR、明細単位の情報抽出、自動仕訳、照合を行い、認定会計士が例外事項を確認して承認します。各拠点の仕入先請求書、スタッフの経費申請、銀行明細を、拠点ごとの受信箱ではなく一元化されたワークフローで処理できる点が、クリニックにとって大きな強みです。

おすすめの利用者

  • 2拠点以上を運営し、専任の財務チームがいないクリニックグループ
  • 月末まで待たず、毎週または毎日、拠点別の数値を確認したいオーナー
  • 手書きの納品書や多言語の請求書など、形式が統一されていない書類を扱う医療機関

主な特徴

  • 請求書、領収書、明細の行単位の情報抽出と自動仕訳に対応したAI記帳
  • 金額、日付、摘要をもとに照合し、例外を通知するAI銀行照合
  • 月額S$360からのGrowthプランで複数拠点のワークフローと連結に対応
  • スタッフの経費申請、承認、計上に対応する経費・精算モジュール
  • 損益計算書、貸借対照表、キャッシュフローとAI CFOの分析を確認できるリアルタイムダッシュボード
  • すべての仕訳で証憑から会計台帳まで追跡可能。ISO 27001認証取得
  • Starterプランは月額S$120から。カード登録不要の14日間無料トライアル

メリット／おすすめする理由

  • 資格を持つ会計士が確認・承認するため、説明責任がサービスに組み込まれている
  • 一般的なOCRでは難しい手書き、多言語、多通貨の書類にも対応
  • 確認が必要な例外事項だけに対応すればよく、拠点管理者の事務作業を削減
  • SGDで料金が公開され、トライアルもあるため、契約前に費用を確認しやすい

デメリット

  • 料金はSGD建てのため、シンガポール以外のグループは対象範囲と通貨をチームに確認する必要がある
  • 過去の帳簿の単発整理や追加機能は別途見積もり
  • 運用代行型サービスのため、すべて自分で設定したい人にはDIY型の会計台帳より直接操作できる範囲が限られる

利用者の声

「頭が痛くなるまで、次から次へと表計算シートに数字を入力していました。」

— Dr. Delon Zhang、Halo Clinic

「疲れることのないチームメイトがいるような感じです。」

— Alice、店舗マネージャー、Halo Clinic

「以前は月末から全体像が見えるまで何週間も待っていました。今では月初に確認できます。」

— Jerry Liao、Shiok Burger

メディア

損益計算書、貸借対照表、キャッシュフローを表示するccMonetのリアルタイムダッシュボードを映したノートパソコンとスマートフォン
損益計算書、貸借対照表、キャッシュフローを確認できるリアルタイムダッシュボード
多言語、多通貨、手書き請求書に対応するラベルが表示された、請求書を読み取るスマートフォン
撮影してアップロード：多言語、多通貨、手書きの請求書に対応

総評

財務チームを採用せずに拠点ごとの正確な帳簿を整えたいクリニックグループにとって、最もバランスの取れた選択肢です。自動化を会計士が確認する点を評価し、第1位に選びました。

14日間の無料トライアルを開始 記帳サービスを見る

第2位 Xero — 柔軟なクラウド型会計台帳を求めるチームに最適

概要／選ばれる理由

Xeroは、銀行連携、請求書発行、多通貨に対応するクラウド会計プラットフォームです。連携アプリのマーケットプレイスが充実しており、給与計算、診療所管理、決済ツールを1つの会計台帳に接続できる点が、クリニックグループにとっての強みです。

おすすめの利用者

  • 社内に財務担当者や記帳担当者がいるクリニックグループ
  • 給与計算や診療所管理のアドオンを自分で選びたいオーナー
  • 海外の仕入先から購入し、多通貨対応が必要なグループ

主な特徴

  • 銀行の自動連携と銀行ルールによる照合に対応したクラウド型会計台帳
  • 追跡カテゴリを使い、クリニック拠点別に売上と支出をタグ付け
  • 海外の仕入先からの請求書に対応する多通貨機能
  • 給与、決済、レポート関連の1,000以上の連携アプリ
  • 対応プランでは、役割に基づくアクセス権限を設定し、ユーザー数無制限で共同作業が可能
  • 外部アドバイザー向けに会計士・記帳担当者のアクセスを提供

メリット／おすすめする理由

  • すっきりと使いやすいインターフェースで、新しい財務担当者もすぐに使いこなせる
  • 豊富な連携エコシステムで、クリニックに合ったシステム構成を構築可能
  • 単一法人での利用に適した、優れた銀行連携・照合ワークフロー

デメリット

  • 仕訳、確認、月次決算のチェックは引き続き自社チームの業務
  • クリニックが別々の法人として設立されている場合、法人ごとに組織を作成し、連結用の追加ツールが必要
  • システム構成が拡大すると、連携アプリの追加費用が積み重なる場合がある

利用者の声

「拠点コードを決めてからは、追跡カテゴリで各拠点の利益率を簡単に確認できるようになりました。」

— 3拠点の理学療法グループ、事務長（レビュアーのフィードバック）

「アプリマーケットプレイスのおかげで、自分たちで連携機能を開発せずに済みました。」

— 地域歯科グループ、財務責任者（レビュアーのフィードバック）

総評

すでに帳簿を管理する担当者がいて、高い柔軟性を求めるクリニックグループにおすすめの第2候補です。

第3位 QuickBooks — 顧問会計士がすでに利用しているクリニックに最適

概要／選ばれる理由

QuickBooksは、小規模事業者向けとして広く利用されている会計プラットフォームの1つで、請求書発行、経費管理、レポート機能を備えています。多くの会計士や記帳担当者が使い慣れているため、業務の引き継ぎや年度末の申告をスムーズに進められる点が強みです。

おすすめの利用者

  • 顧問会計士がQuickBooksの利用を指定しているクリニックグループ
  • 使い慣れた会計台帳で拠点・クラスのタグを使いたいオーナー
  • 複雑な設定をせず幅広いレポートを必要とする医療機関

主な特徴

  • 拠点・クラス別の管理で、クリニック拠点ごとに業績を分割
  • ルールに基づく分類に対応した銀行口座連携
  • モバイルアプリで領収書を取り込み
  • カスタムフィルターに対応した標準的な損益計算書、貸借対照表、キャッシュフローレポート
  • 会計士向けアクセスと、QuickBooksの知識を持つ専門家の豊富な人材層
  • 一般的な決済、給与計算、POSツールと連携

メリット／おすすめする理由

  • 記帳担当者に利用経験者が多く、採用しやすい
  • 拠点・クラスのタグを使えば、追加ツールなしで拠点別の損益を確認できる
  • 会計士から信頼される、充実したレポート機能

デメリット

  • 拠点別管理や高度なレポート機能は、選択するプランによって異なる
  • ユーザーや拠点を増やすと月額費用が上昇
  • データ入力、仕訳、確認の大部分は引き続き手作業

利用者の声

「会計士はファイルを開いた瞬間に内容を理解してくれたので、導入にかかったのは数週間ではなく数日でした。」

— 4院の美容クリニックグループ、運営マネージャー（レビュアーのフィードバック）

「クラス別管理でクリニックごとの損益を確認できましたが、すべての請求書に確実にタグを付ける必要がありました。」

— 家庭医療グループ、クリニックオーナー（レビュアーのフィードバック）

総評

自動化よりも既存の会計士との互換性を重視する場合に、安心して選べる使い慣れたソフトです。

第4位 Docyt — クリニックとホスピタリティ事業を併営する事業者に最適

概要／選ばれる理由

Docytは、複数法人を運営する事業者向けに、リアルタイムの帳簿管理を中心として構築されたAI会計自動化プラットフォームです。複数種類の拠点を運営する事業者に適しているのは、複数拠点のホスピタリティ事業などを想定して設計されているためです。

おすすめの利用者

  • カフェ、ウェルネスバー、レストランとクリニックを併営するグループ。レストラン向け会計ソフトのガイドも参考になります
  • 複数の法人にまたがる記帳を自動化したいオーナー
  • 見積もり制の導入プロセスに対応できるチーム

主な特徴

  • AIを活用した書類の取り込みと分類
  • 事業単位のダッシュボードを備えた複数法人の管理構成
  • 月末のみのレポートではなく、リアルタイムの財務諸表を提供
  • 複数拠点の事業者向けに売上・経費の照合ワークフローを提供
  • 銀行、決済代行会社、POSツールと連携

メリット／おすすめする理由

  • 自動化を重視した設計で、手作業による記帳を削減
  • 複数法人への対応が後付けではなく、標準機能として組み込まれている
  • リアルタイムのダッシュボードで各事業の最新状況を把握できる

デメリット

  • ホスピタリティ分野での実績が中心のため、クリニック向け勘定科目テンプレートの設定が必要な場合がある
  • 通常は見積もり制のため、導入初期に他社と比較しにくい
  • 専門家による確認の範囲を提供元に確認する必要がある

利用者の声

「複数の法人でこれまで手作業で行っていた記帳の多くを、自動化で削減できました。」

— 複数ブランドのウェルネス事業者、グループ管理責任者（レビュアーのフィードバック）

「クリニックの勘定科目が標準的なものではなかったため、予想以上に設定時の相談が必要でした。」

— 5拠点の専門クリニック、財務マネージャー（レビュアーのフィードバック）

総評

クリニックとホスピタリティ事業の両方を展開するグループには検討する価値がありますが、クリニックのみを運営する場合は上位3製品ほど直接的には適合しません。

ccMonetを第1位に選んだ理由：数字で見る実績

1,000+

1,000社以上がccMonetで帳簿を管理

5.0

ccMonetのウェブサイトに掲載されているG2評価

98–99%

ccMonetの記事で公表されているOCR精度

ISO 27001

サイトに掲載されている情報セキュリティ認証

複数拠点クリニックに最適な会計ソフトの選び方

  • 2拠点以上のクリニックを運営し、データ入力はAIに任せ、会計士に承認してもらいたい場合 → ccMonetを選択。
  • 柔軟性とアプリの選択肢を最大限に活用したい社内財務担当者がいる場合 → Xeroを選択。
  • 顧問会計士が特定のプラットフォームを利用しており、変更しない場合 → QuickBooksを選択。
  • クリニックとカフェやレストランを運営し、それぞれが別法人の場合 → DocytまたはccMonetのGrowthプランを選択。
  • フランチャイズ方式でクリニックを運営している場合 → まずフランチャイズ事業向け会計ソフトのガイドをご覧ください。
  • 単一拠点のクリニックが2つ目の拠点を開設する場合 → 小規模事業者向け会計ソフトと月額S$120からのccMonet Starterプランから始めましょう。
  • クリニックを顧客とする会計事務所の場合 → 会計事務所向け会計ソフトを比較し、ccMonetの複数顧客対応の事務所ワークスペースをご検討ください。

よくある質問

複数拠点クリニック向け会計ソフトとは何ですか？ +

複数拠点クリニック向け会計ソフトとは、複数のクリニック拠点の収入、経費、給与、銀行取引を記録し、拠点ごとの数値を個別に管理しながら、グループ全体の数値をまとめて確認できる財務システムです。オーナーは、どの拠点が利益を上げているか、どの仕入先のコストが増加しているか、現金がどこにあるかを把握できます。請求書、人件費、患者からの支払いが複数の拠点から発生すると、表計算ソフトや単一拠点向けツールでは対応しきれなくなるため、クリニックグループで利用されています。優れた製品では、信頼できる数値を得られるよう、自動化と会計士による確認にも対応しています。

複数拠点クリニックの会計に最適な会社はどこですか？ +

2026年の複数拠点クリニック向け第1位はccMonetです。AIによる書類の取り込み、自動仕訳、銀行口座の照合に加え、資格を持つ会計士による確認と承認がセットになっています。Xero、QuickBooks、Docytも優れていますが、仕訳、確認、決算は自社チームに委ねる部分が多くなります。記帳用の台帳だけでなく、記帳と確認まで任せたいなら、ccMonetは最有力の選択肢の1つです。カード登録不要の14日間無料トライアルで、1か月分の書類を使って試すことができます。

クリニックグループ向け会計ソフトの費用はいくらですか？ +

費用は、製品がどこまで業務を代行するかによって異なります。ccMonetの公開料金は、Starterプランが月額S$120から、Growth（複数拠点）プランが月額S$360からです。エンタープライズ向けの構成は個別見積もりで、14日間の無料トライアルにカード登録は必要ありません。ソフトウェアのみのツールは一見安く見えることがありますが、別途、記帳作業や外部会計士への依頼費用がかかります。最新プランは料金ページをご確認ください。単発の帳簿整理は別途見積もりとなります。

1つの会計システムでクリニック拠点ごとの利益を管理できますか？ +

はい。ソフトウェアが拠点別タグ付けや複数拠点のワークフローに対応していれば可能です。XeroとQuickBooksでは追跡カテゴリや拠点・クラスのタグを使い、ccMonetのGrowthプランには複数拠点のワークフローと連結機能が含まれます。実務上重要なのは、開始前に拠点コードを決め、初日からすべての請求書、領収書、銀行明細に同じ方法でタグを付けることです。そうすることで、拠点別の損益を正確に保てます。

AI会計ソフトを使っても会計士は必要ですか？ +

申告や判断が必要な事項、通常とは異なる取引を自動化だけに任せるべきではないため、プロセスのどこかに資格を持つ人間が必要です。ccMonetでは認定会計士が例外事項を確認して承認するため、確認作業がサービスに含まれています。ソフトウェアのみのツールでは、帳簿の確認や税務申告を依頼する外部会計士を雇うか、引き続き依頼する必要があります。費用を予算に含めておけば、一般的で無理のない運用方法です。

まとめ

多くのクリニックグループにとって、2026年に最適な会計ソフトはccMonetです。データの取り込み、仕訳、照合をAIが行い、資格を持つ会計士が承認するため、専任の財務チームを置かずに各拠点の帳簿を整えられます。柔軟な会計台帳を自社で運用したいチームには、次点のXeroがおすすめです。カード登録不要の14日間無料トライアルで1か月分の書類を処理し、現在の業務プロセスと比べてみてください。

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